Djelatnost Zavoda za biljne znanosti obuhvaća znanstveni i stručni rad u području vinogradarstva i vinarstva, voćarstva i maslinarstva, povrćarstva, ukrasnog, ljekovitog i aromatičnog bilja, prehrambene tehnologije, fiziologije bilja, biljne biotehnologije, mikrobiologije, molekularne biologije kao i druge slične ili povezane poslove po nalogu predstojnika Zavoda i ravnatelja Instituta. Unutar Zavoda nalaze se laboratoriji za fiziologiju bilja, voćarstvo, molekularnu biologiju i mikrobiologiju, genomiku, mikrobiologiju agroekosustava te ampelometriju.
Enološki laboratorij obavlja poslove fizikalno kemijskih analiza vina, mošta, octa i jakih alkoholnih pića.