Djelatnost Zavoda za primijenjene znanosti obuhvaća znanstveni i stručni rad u području agro-ekonomike i ruralnog razvoja u poljoprivredi, pedologije, ishrane bilja, zaštite bilja, biljne i prehrambene fitokemije, prehrambene tehnologije, stočarstva, agroekologije i njihove povezanosti s okolišnim procesima temeljenim na mjerenjima, reanalizama i klimatskim modelima, kao i druge slične ili povezane poslove po nalogu predstojnika Zavoda i ravnatelja Instituta. Unutar Zavoda nalaze se laboratoriji za metabolomiku i zaštitu bilja.
Laboratorij za prehrambenu tehnologiju i analitiku maslinova ulja obavlja poslove analize i istraživanja kvalitete i karakterizacije maslinova ulja, kao i drugog voća i povrća. Provodi kemijske, senzorske i nutritivne analize za ocjenu kvalitete, tehnološke procese prerade maslina u ulje te istraživanja unapređenja tehnika prerade.
Laboratorij za tlo i ishranu bilja obavlja poslove fizikalnih i kemijskih analiza uzoraka tla, biljnog materijala i hranjivih otopina.