Znanstveno vijeće je stručno i savjetodavno tijelo Instituta koje usmjerava i nadzire njegov znanstveni rad. Sudjeluje u oblikovanju znanstvene politike, donosi odluke o ključnim znanstvenim i stručnim pitanjima te daje mišljenja o planovima, projektima i organizaciji rada Instituta.
Vijeće čine ravnatelj, pomoćnici ravnatelja, predstojnici zavoda, predstavnici znanstvenika i suradnika te drugi izabrani članovi iz redova zaposlenika. Članovi se biraju na mandat od dvije godine, a Vijeće između sebe bira predsjednika i zamjenika.
Znanstveno vijeće raspravlja o prijedlozima istraživačkih projekata, sudjeluje u izborima u znanstvena zvanja, imenuje mentore asistentima te daje mišljenja o strateškim pitanjima razvoja Instituta. Odluke donosi većinom glasova, a rad Vijeća temelji se na načelima stručnosti, odgovornosti i suradnje.